Les jeunes sont encadrés par des professionnels de la recherche et découvrent ainsi la science en train de se faire, s’approprient la démarche scientifique et ouvrent leurs horizons. A la manière des chercheurs, en fin d’année, ils présentent leurs travaux à l’oral lors des congrès Apprentis Chercheurs. Ce programme met l'accent sur la curiosité, la démarche scientifique et l'esprit critique, tout en encourageant l'autonomie des élèves dans la réalisation de leurs travaux. A travers une initiation à la recherche concrète, ils apprennent à formuler des hypothèses, collecter des données, et partager leurs résultats, contribuant ainsi à leur développement intellectuel et leur ouverture sur le monde scientifique.
L’Arbre des Connaissances est agréée par le ministère de l’Education Nationale, de la jeunesse, et des Sports, au titre d’associations éducatives complémentaires de l’enseignement public depuis 2014